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Come seconda prova gli impose di uccidere l’Idra di Lerna: questa, cresciuta nella palude di Lerna, usciva sulla pianura e devastava il bestiame e la regione. L'Idra aveva corpo gigantesco con nove teste, otto mortalmente ferite, una centrale immortale. Salito su un carro guidato da Iolao, si recò verso Lerna; qui fermò i cavalli dopo aver trovato l’Idra all'ingresso della sua caverna in cima a un'altura presso le sorgenti dell'Amimone, e la costrinse con dardi infuocati ad uscire, domandola una volta fuori. Intrappolata, l’Idra venne trattenuta per uno dei piedi. Nonostante recidesse le teste con la clava, non riuscì a portare a termine l'impresa: infatti da ogni testa tagliata ne ricrescevano due. Venne in aiuto all’Idra un granchio gigantesco che morse un suo piede. Perciò, per sconfiggere questo nuovo avversario, fu chiamato anche il suo aiutante Iolao, che appiccò il fuoco a una parte di un bosco vicino per creare delle torce; questi impedivano alla base delle teste di rigenerarsi. Così, dopo aver debellate le teste ricrescenti e reciso quella immortale, la coprì con un masso pesante sulla strada che va da Lerna ad Eleunte: successivamente aprì il corpo dell’Idra per intingervi le sue frecce nel suo veleno.